标题：Cancer Cell-整合的单细胞和空间转录组学揭示了参与胰腺癌神经侵袭的不同细胞亚型

文章标题：Integrated single-cell and spatial transcriptomics uncover distinct cellular subtypes involved in neural invasion in pancreatic cancer

期刊：Cancer Cell

影响因子：44.5

文章摘要：神经组织在肿瘤生物学中具有重要作用，但其周围及内部微环境及其在癌症神经侵袭（NI）中的作用仍缺乏深入研究。本研究对25例胰腺导管腺癌（PDAC）患者的62个样本进行单细胞/单核RNA测序（sc/snRNA-seq）和空间转录组学分析，揭示了不同NI状态下的细胞组成、谱系动态及空间分布特征。低NI肿瘤组织中三级淋巴样结构丰富且与未受侵入的神经共定位，而高NI组织中NLRP3+巨噬细胞和癌相关肌成纤维细胞则环绕着受侵入的神经。我们鉴定出独特的内神经NRP2+成纤维细胞群，并表征了三种不同的施万细胞亚群。TGFBI+施万细胞位于NI前缘，可通过转化生长因子β（TGF-β）信号通路诱导，促进肿瘤细胞迁移，并与较差的生存率相关。我们还发现了具有独特形态特征和增强NI潜能的基底样恶性亚群及神经反应性恶性亚群。这一描绘肿瘤相关神经的图景揭示了原位癌症-免疫-神经相互作用的关键机制，并为靶向NI的治疗开发提供了新思路。

标题：Cancer Cell-不同的滤泡T细胞亚群调节淋巴瘤的进展和结果

文章标题：Distinct follicular T cell subsets regulate lymphomaprogression and outcomes 

期刊：Cancer Cell

影响因子：44.5

文章摘要：滤泡性淋巴瘤（FL）的特点是肿瘤性滤泡结构的扩张，这表明它可能具有独特的T细胞免疫形式。然而，除了T滤泡辅助细胞（TFH细胞）之外，滤泡T细胞在FL中的异质性和作用仍有许多未被探索。在这项研究中，我们利用泛癌单细胞映射、空间分辨的单细胞转录组学和多路蛋白谱型分析，以及功能表征，对FL中的滤泡T细胞进行了多组学分析。我们发现，在FL中扩增的非TFH滤泡T细胞亚群在转录和空间上表现出显著差异。这些亚群不仅增强了抗肿瘤特性，还形成了独特的空间生态位。在以白细胞介素-21为主导的条件下，这些亚群的表型得到了复制，揭示了生成这些亚群的离散自我调节细胞生态系统，这可能是FL临床行为的基础。此外，这些亚群能够独立于现有的预后标志物，显著地分层FL的预后。我们的研究结果强调了一种先前未被认识的免疫机制，这有助于我们更好地理解淋巴瘤，并改善患者的治疗管理。

标题：Nature-肥胖与体重减轻过程中脂肪微环境的选择性重塑

文章标题：Selective remodelling of the adipose niche in obesity and weight loss

期刊：Nature

影响因子：48.5

文章摘要：减重能显著改善肥胖人群的代谢和心血管健康。脂肪组织（AT）的重塑是这些重要临床效应的核心机制。然而令人惊讶的是，关于其潜在机制的研究却寥寥无几，这成为治疗进展的一大障碍。本研究通过构建空间解析的单细胞图谱（包含70名受试者的171,247个细胞），揭示了肥胖及治疗性减重过程中重塑人体脂肪组织、进而影响代谢健康的细胞类型、分子事件及调控因子。我们发现代谢细胞、前体细胞和血管细胞对衰老具有选择性易感性，并证实减重可有效逆转衰老进程。我们明确了可能驱动衰老退行性循环——即衰老、组织损伤与代谢功能障碍——的基因调控机制和组织信号通路。研究发现减重可减少脂肪细胞肥大和生物力学约束通路，激活全局代谢通量与生物能量底物循环，从而介导系统性代谢健康的改善。在免疫系统方面，我们证实减重可抑制肥胖引发的巨噬细胞浸润，但无法完全逆转其活化状态，导致这些细胞处于易触发体重反弹和加重代谢功能障碍的预备状态。通过将细胞映射至组织微环境，我们揭示了组织损伤与修复的共同决定因素。总体而言，我们互补的单核和空间数据集为肥胖AT功能障碍的基础及其通过减肥逆转提供了前所未有的见解，并且是探索机制和治疗的关键资源。

标题：Journal of Hematology & Oncology -单细胞和空间组学在揭示癌症药物反应和耐药性细胞特征中的应用

文章标题：Application of single-cell and spatial omics in deciphering cellular hallmarks of cancer drug response and resistance

期刊：Journal of Hematology & Oncology

影响因子：40.4

文章摘要：药物抗性在癌症治疗中构成了重大挑战，导致疾病快速复发、进展加速及患者死亡率上升。尽管其影响至关重要，但目前尚缺乏可靠的预测指标来指导临床应用。肿瘤异质性和肿瘤微环境（TME）是影响癌症药物疗效和抗性的关键因素。肿瘤异质性导致不同患者的治疗反应差异显著，而癌细胞与TME之间的动态互动则促进了肿瘤的生存和增殖，这凸显了识别细胞特征以预测药物反应和抗性的紧迫性。单细胞和空间组学技术提供了对单个细胞水平基因表达的高分辨率洞察，揭示了细胞间的异质性，揭示了潜在的病理机制、细胞间相互作用及代谢调节。本文综述了单细胞和空间组学在癌症药物研究中的原理、方法和工作流程，重点讨论了涉及肿瘤异质性、TME重编程、细胞间相互作用、代谢调节和信号通路调控的关键特征。此外，我们还总结了25种癌症类型中用于预测药物反应和抗性的细胞生物标志物，为癌症精准医疗的发展奠定了基础。

标题：Journal of hepatology-时空肝脏动力学塑造肝细胞异质性，并影响体内基因工程

文章标题：Spatiotemporal liver dynamics shape hepatocellular heterogeneity and impact in vivo gene engineering

期刊：Journal of hepatology

影响因子：33.0

文章摘要：肝细胞是肝脏的主要组成部分，对代谢至关重要，也是体内基因治疗的重要目标，这种治疗有望通过修复肝细胞功能缺陷来治疗单基因疾病。将转基因整合到目标细胞的基因组中，对于早期给药后实现长期表达至关重要，这可以通过载体整合或基因编辑技术来实现。为了确保基因修饰在肝脏生长和更新过程中持续有效，还需要针对参与这些过程的细胞。尽管先前的研究主要集中在肝脏的稳态和再生上，但肝细胞的生长和成熟机制仍不完全清楚。本研究探讨了肝细胞异质性在肝脏生长过程中的演变，并评估了其对体内基因工程的影响。我们发现，在新生肝脏中，约15-20%的克隆生成肝细胞产生了超过90%的成年组织，并且这些细胞与造血岛在同一空间区域共存。优先对这些克隆生成的肝细胞进行基因编辑，导致基因工程肝脏面积的比例增加，这支持了它们在肝脏生长中的作用。年龄相关的肝细胞异质性影响了体内慢病毒基因传递的效率及其在肝小叶中的分布。断奶后逐渐形成的代谢分区和成年期中心周围区域蛋白酶体活性的升高，影响了观察到的年龄相关结果。